Ve 14. a 15. století zasáhlo Evropu několik morových ran. Církev byla rozpolcená, bylo schisma. Prodávaly se odpustky a ve velkém se kupčilo s církevními úřady. Papežové byli více světskými pány než morálními autoritami. Tyto faktory dohromady vyvolávaly dojem, že se blíží konec světa a lidé si mysleli, že za to může zubožený stav církve.

Z těchto důvodů se začaly objevovat určité snahy o změnu - například směr konciliarismus. Jeho zastánci prosazovali, aby měl koncil moc nad papežem, což by mu výrazně omezilo pravomoci.

Snahy o reformu církve poprvé vyvíjel John Wycliffe (zemřel roku 1384). Na jeho názory navazoval i Jan Hus. Wycliffe tvrdil, že řešením neutěšeného stavu církve je zabavení církevního majetku, což by donutilo církev řešit více duchovní záležitosti.

Husitství předběhlo dobu. Jeho požadavky se podařilo z velké části realizovat, přestože mezinárodní situace mu nebyla nakloněna. Husitství totiž bylo ve světě považováno za kacířské hnutí. Husitské revoluci se někdy také říká česká reformace.

Začátky německé reformace sahají do přelomu 15. a 16. století. Jde o dobu vrcholné renesance, kdy vládli renesanční papežové. Ti se intenzivně starali o světské statky a duchovní stav věřících je nechával chladnými. Jde o jeden z nevýznamnějších vrcholů krize církve.

Renesanční papežové potřebovali pro financování svých válečných výprav velké množství prostředků, které jim plynuly z prodeje odpustků a desátků. V předhusitské době jim plynuly největší příjmy z Českých zemí. Husitská revoluce tuto situaci ale zcela změnila. Po revoluci začali papežové čerpat prostředky hlavně z Německa, kde však tento postup vzbuzoval nevoli.

Roku 1517 vystoupil se svými názory ve Wittenbergu Martin Luther a zformuloval svůj odpor k církvi. Popřel božský původ papežství, odmítl autoritu koncilu a hodlal zjednodušit liturgii. Hlásal, že jedinou autoritou pro věřícího je Písmo svaté. Jeho názory se téměř shodovaly s husity. K odkazu Jana Husa se Martin Luther přímo přihlásil. Češi to tenkrát považovali za velké zadostiučinění. Na Lutherův odkaz navázal v Zürichu Ulrich Zwingli. Ten Lutherovo učení ještě zradikalizoval. Přestože Luther výrazně zjednodušil liturgii, zachoval koncepci svatého přijímaní. Říkal, že v chlebu a víně jsou přímo přítomny části Kristova těla. Zwingli naopak tvrdil, že to tak není, že chléb a víno jsou pouze symboly.

Zwingliáni ale byli poraženi v jakési bitvě a byli rozptýleni po celé Evropě. Usadili se i na Moravě, kde se jim říkalo habáni nebo novokřtěnci. Novokřtěnci odmítali křest malých dětí, vždy jej prováděli až v dospělosti, po zralém a svobodném rozhodnutí každého jedince.

Jan Kalvín, působící také ve Švýcarsku, rovněž dále rozvíjel Lutherovo učení, s velkým důrazem na morální hodnoty. Kalvinisté říkali, že každý člověk má své předurčení - predestinaci. Předurčení ke spáse (i zatracení) je podle nich neměnné, ale už během života se může projevit tím, jak je člověk úspěšný. Toto učení výrazně zvýšilo motivaci lidí a podporovalo jejich přirozenou soutěživost. Mimo jiné i proto byly mnohé kalvinistické země hospodářsky velmi vyspělé.

Kalvín v Ženevě založil vlastní církev, jejímž nejvyšším orgánem byla konzistoř (rada starších - seniorů). Tento systém si dodnes zachovalo několik protestantských církví, např. Českobratrská církev evangelická.

Roku 1530 se sjednotilo Lutheránství na Augšpurské konferenci, roku 1566 tak učinili i kalvinisté. Kalvinismus i lutheránství se rychle šířily Evropou, neboť oba směry byly po vleklé krizi katolictví přitažlivé. Kalvinismus se uchytil ve Švýcarsku, Nizozemí, Anglii nebo Francii (kde se kalvinistům říkalo hugenoti). Lutheránství se šířilo hlavně v Německu, Skandinávii, Polsku nebo Uhrách.

Kalvinismus se dostal i do Čech. Přijímali ho hlavně někteří husité, což po čase vedlo ke štěpení. Staroutraquisté (konzervativní husité) si nechali svá kompaktáta a zachovali si i závislost na katolické církvi a papežském stolci. Novoutraquisté ve velkém přecházeli na kalvinismus.