České dějiny/Nástup Habsburků v Čechách
Habsburkové a Jagellonci se během své obratné sňatkové politiky domluvili, že až zemře Ludvík Jagellonský, tak na český trůn nastoupí Ferdinand, který měl za manželku Ludvíkovu sestru.
Když Ludvík zemřel a Ferdinand se měl stát českým králem, tak se šlechta odmítala podřídit nějaké dohodě mezi dynastiemi. Do volby Ferdinanda se jí moc nechtělo. Šlechta si nechtěla nechat pošlapat své právo na výběr panovníka. Nakonec sněm ale Ferdinanda přece zvolil poté, co slíbil, že České země oddluží a bude respektovat sněm a náboženskou svobodu. Ferdinand musel přistoupit na tzv. volební kapitulaci, jejíž součástí byl například i požadavek na vládnutí z Prahy.
Ferdinand prosazoval trochu odlišnou koncepci vlády. Chtěl zavést panovnický systém, ve kterém má rozhodující slovo osoba na trůnu. V Čechách ale od husitských válek fungoval stavovský systém, jehož ústřední složkou byl stavovský sněm, který musel panovníkovi odsouhlasit veškerá rozhodnutí. Šlechta na změnu nechtěla přistoupit. Ferdinand přesto svou vizi pomalu naplňoval. Ve Vídni zřizoval nové úřady, např. Dvorskou radu a Dvorskou kancelář. Ty byly základem jakési centralizované vlády, která by řídila všechny země, které panovník držel. V této době měla každá země své zákony a své zřízení, to chtěl Ferdinand změnit.
V této době vypukla v Německu Šmalkadská válka. Ferdinand chtěl svému bratrovi v říši pomoci. Svolal proto zemskou hotovost, ze které pro šlechtu vyplývala povinnost poskytnout panovníkovi armádu. Zemskou hotovost mohl ale vyhlásit pouze sněm, ne sám panovník. Šlechta odmítala postavit svou armádu i proto, že sami jako protestanti nechtěli zasahovat proti svým souvěrcům. Katolíci nakonec v Německu protestanty porazili i bez české pomoci. Ferdinand se zlobil, česká šlechta mu přišla prosit za odpuštění do Litoměřic. Ferdinand nechal popravit asi dva nízké šlechtice a zcela vystrnadil města ze sněmu. Města rovněž zbavil řady svých práv (např. soudního). Vysoké šlechty se sankce téměř nedotkly.
Roku 1556 zemřel Ferdinandův bratr Karel V. a Ferdinand se po něm stal císařem. Ferdinand ale umírá již v roce 1564, na jeho místo nastoupil jeho syn Maxmilián.
Maxmilián byl po náboženské stránce tolerantní. Měl hodně přátel mezi luterány i katolíky, náboženství jej celkově moc nebralo. Česká šlechta se na jeho vládu vcelku těšila. Novoutraquisté, kteří tvořili většinu, luteráni a Jednota bratrská naléhali na Maxmiliána, aby zrušil kompaktáta, protože byla zastaralá. Svou koncepcí vyhovovala pouze starokališníkům, kterých bylo málo. Kompaktáta byla zrušena papežem a roku 1575 je nahradil nový dokument - Česká konfese. Ta byla kompromisem mezi požadavky všech protestantských vyznání zastoupených na našem území a zaručovala rozsáhlé svobody. Maxmilián Českou konfesi nepodepsal, ale slíbil, že ji bude dodržovat. Česká šlechta na oplátku zaručila následnictví trůnu pro Rudolfa II. Maxmilián zemřel roku 1576 a Rudolf II. byl zvolen na český trůn.
Rudolf II. byl vychováván na radikálním katolickém španělském dvoře. Roku 1583 přesídlil do Prahy. Náboženskou svobodu dodržoval jen formálně, nadržoval katolíkům. Kališníci začali být postupně nespokojení.
Osobnost Rudolfa II. je značně problematická. Pravděpodobně trpěl maniodepresivní psychózou, byl velmi nevyrovnaný. Jako vladař byl vcelku neschopný, nezvládal válku proti Turkům. Rudolfův bratr Matyáš byl situací rozhořčen. Přestože byl nesporně schopnější, neměl prakticky žádnou moc.
Matyáš postavil armádu (na svou stranu získal stavy z Moravy, Uher a Rakouska) a táhl na Prahu. Situace zcela závisela na postoji české šlechty. Ta se nakonec postavila za Rudolfa, který na oplátku přislíbil širokou náboženskou svobodu.
K otevřenému střetu nakonec nedošlo. Obě strany se dohodly v Libeňském zámečku, že Rudolf si nechá Čechy a Matyáš převezme vládu v ostatních zemích Koruny české. Rudolf dodržel slib daný šlechtě a vydal Rudolfův majestát, který de facto znamenal naprostou náboženskou svobodu. V kontextu tehdejší Evropy šlo o nevídaný krok.